在集约化猪场，通常在猪生长早期使用抗生素以预防呼吸道和胃肠道系统感染，通常与应激处理相结合使用。近期概述了这些处理对微生物菌群和免疫器官发育的即时效应。本实验研究了早期使用抗生素是否会影响猪肠道微生物菌群和肠道功能。
为了调查早期处理的持续影响，将仔猪分为3组，分别做以下处理：1）无抗生素和应激；2）有抗生素无应激；3）有抗生素和应激。
所有处理均发生在出生后第四天。在出生第55天（约8周）和176天（约25周），对空肠内容物样本做微生物群分析，空肠和回肠组织样本做全基因组转录分析。抗生素处理组在有无应激的情况下均对宿主肠道基因表达的多种处理有持续影响，包括免疫相关处理。
实验结果表明，早期（出生后4天）的应激可对肠道系统在基因表达（第55天）和微生物组成（第176天）均具有持续作用。第55天观察到微生物群的高度变异性，但不同处理组间无明显差异，这很有可能是由于在断奶期间（第28天）或者断奶后获得新的微生物群有关。基于在第55天观察到的基因表达的差异，可假定早期免疫程序的不同可导致系统对断奶后新建的微生物群的反应不一样。因此，不同处理组的肠道系统发展成不同的体内平衡。
